Даний етап є основним у впровадженні системи GlobalGAP в господарстві. В процесі підготовки до сертифікації проводиться:

• Ознайомлення виробника зі стандартом (його цілі, значення, основні положення)
• Запровадження необхідної системи документації у відповідності до вимог стандарту
• Визначення і оцінка можливих ризиків виробництва (гігієнічні, екологічні, хімічні, біологічні, тощо), а також шляхів їх попередження та ліквідації
• Рекомендації щодо приведення складових виробничого циклу у відповідність до вимог стандарту, запровадження відповідних систем реєстрації
• Консультаційний супровід з підготовки складів мінеральних добрив і пестицидів у відповідності до вимог GlobalGAP та національного законодавства
• Рекомендації з облаштування території господарства відповідно вимог стандарту
• Рекомендації щодо налагодження систем охорони праці і виробничої санітарії у відповідності з положеннями GlobalGAP
• Розробка системи відстеження та процедури відкликання продукції з ринку
• Підготовка персоналу
• Сприяння в подачі заявки до органу сертифікації
• Розробка рекомендацій з управління господарством з урахуванням можливих ризиків виробництва, тощо
• Заліковий внутрішній аудит на відповідність вимогам GlobalGAP
• Супровід процесу інспекції